La comuna de Colina se provee de tres fuentes hídricas. Todas, al presente, han tendido a  disminuir, esto hace que sea prioritario de parte de todos  racionalizar sus usos.

• Aguas subterráneas o aguas minerales: Corresponden a aguas de origen natural que emanan o son extraídas desde el interior de la tierra, por su constitución o propiedades físico-químicas o biológicas, son susceptibles de aplicaciones terapéuticas o higiénicas. Para el caso del consumo humano la Dirección General de Aguas (DGA, 2001) decretó la restricción de explotación de aguas subterráneas para el acuífero de Colina Inferior, debido a que dicho sector hidrogeológico se encuentra agotado, sin embargo, se ha podido comprobar que esta resolución no se ha acatado totalmente.
• Aguas continentales superficiales: Corresponden a todas las aguas que se encuentran a vista del ser humano y que pueden presentarse estancadas, o bien circulantes por medio de corrientes. Para este caso es el río de Colina el principal cauce comunal. Otros cauces destacados de la comuna son: Estero Chacabuco, Estero Quilapilún, Embalse Huechún (artificial), Estero Los Patos.
• Aguas de fuentes externas: Aguas provenientes por cauces artificiales. Colina riega gran porcentaje de sus tierras agrícolas con agua que proviene del rio Maipo, a través del Canal del Carmen (Canal de Batuco).

Dicho es que la red hidrográfica de Colina pertenece a cuenca del Maipo pues, finalmente, sus aguas desembocan en su principal cauce, el río Maipo, que posee una longitud de 150 km. Siendo sin duda, la principal fuente de agua de la Región Metropolitana cuyos afluentes comprometen a todas sus provincias. Para una mejor comprensión, este estudio de ahora en adelante, para indicar referencias geográficas, se basará en la zonificación hidrogeológica desarrollada por la DGA (2002). Donde se usa el termino Sistema para referirse a una cuenca hidrológica matriz. Para el caso de la comuna de Colina se identifican dos sistemas uno para la cuenca norte y otro para la cuenca sur. A continuación se enlistan con sus respetivos sectores, los que contienen a su vez variedad de recursos hídricos. Como se trata de unidades geomorfológicas no siempre un Sistema concuerda con los límites político-administrativos de la comuna.

 Sistema Chacabuco

Esta red acuífera, como ya se adelantó, es parte del Sistema hidrogeológico del Maipo- Mapocho. Sus principales redes hidrográficas son los Esteros Montenegro, Tiltil, Polpaico y Lampa por el oeste, y la cuenca hidrográfica del Estero El Cobre, Quilapilún y Chacabuco por el este. Abarca 1.356 km² y comprende 3 sectores:

 Sectores Sistema Chacabuco

 

Sub-cuenca (sector) Polpaico-Chacabuco:

En la parte superior de la cuenca hidrográfica los esteros Chacabuco, Santa Margarita y Quilapilún, juntan sus cauces en la zona de Angostura de Huechún, dando origen al Estero Chacabuco. Sus límites Norte y Noreste corresponden a la línea que define el límite regional, por el Sureste limita con el Sector Colina Superior, y por el Sur con los sectores de Colina Inferior y Lampa, manteniendo conexión hidráulica con estos dos últimos. La zona entre las localidades de Polpaico y Quilapilún, como en el sector anterior, constituye una superficie subhorizontal elevada por sobre el llano de la ciudad de Santiago, lo cual estaría relacionado a un origen tectónico al encontrarse escalonadas de norte a sur. (DGA, 2002, p.31) Las emanaciones hídricas de salida, tanto subterráneas como superficiales, de esta cuenca se juntan con los del sector de TilTil en la zona de Polpaico, dando origen al Estero Lampa (estero que se desplaza extraordinariamente de norte a sur).

Sistema Colina

El Sistema Colina, está, como se ha esbozado, al sur del sistema Chacabuco, y al norte del Maipo- Mapocho, posee un área de 905 km², y su principal cauce es el río Colina. Lo componen 5 sectores (o subcuencas).

Sectores Sistema Colina

• Sector Colina Superior:  Esta cuenca nace con los cauces que dan origen al río Colina a 3000 m.s.n.m.

• Sector Colina Inferior: Bajo el Sector Superior, se caracteriza por ser el Río Colina su principal fuente hidrológica. Se desarrolla sobre depósitos fluviales actuales.

• Sector Colina Sur: Se asocia a la continuación del Estero Colina hacia la costa.

• Sector Chicureo: Esta subcuenca se asocia a los depósitos del abanico aluvial del Estero Ñipas (al norte) formado por arenas y arenas gravosas.

• Sector Santiago Norte: Se trata de una subcuenca aportante al Estero Colina, principalmente el Estero Lampa. Limita por el Norte con el sector de Lampa, por el Sur con el sector de Santiago Central y por el Este con el sector de Colina Sur, manteniendo conexión hidráulica tanto superficial como subterránea con todos ellos (DGA, 2002, p.41).